Anciennement connu en tant que Château Brane-Mouton, le Château Mouton-Rothschild adopte son nom actuel en 1853, lorsque le baron Nathaniel de Rothschild rachète le domaine viticole. Quant à la renommée que ses vins lui ont conférée, il faut encore attendre plus d’un demi-siècle pour qu’elle se fasse pleinement ressentir. Car c’est véritablement sous la direction du baron Philippe de Rothschild, arrivé en 1922 à la tête de l’exploitation, que le Château Mouton Rothschild prend son essor. En 1924, il est décidé que l’embouteillage du vin sera effectué au domaine, à Pauillac, pratique jusque là inédite dans le vignoble de Bordeaux. Pour répondre aux besoins de stockage qu’une telle décision implique, un Grand Chai d’une longueur de 100 mètres est inauguré deux ans plus tard.
À la mort du baron Philippe en 1988, le Château Mouton-Rothschild est confié à sa fille Philippine, à qui l’on doit la création en 1993 du second vin du domaine, le Petit Mouton.
En 1973, sous le septennat de Georges Pompidou qui avait travaillé à la banque Rothschild de 1954 à 1958, la seule révision jamais réalisée de la classification de 1855 consacre Mouton au rang de 1er Grand Cru.
À cette occasion la devise « Premier ne puis, second ne daigne, Mouton suis », est devenue : « Premier je suis, second je fus, Mouton ne change ».
Les vignes bénéficient d'un climat océanique. Le sol et le sous-sol du domaine Château Mouton-Rothschild sont composés dans des proportions variables de graves profondes garonnaises du Günz, de marnes à Ostrea bersonensis (Eocène supérieur, environ 37 millions d'années) et de calcaire de Saint-Estèphe (Eocène). Le domaine pratique une viticulture raisonnée.
Le domaine produit un Second vin, Petit Mouton de Rothschild.